Shared epitope classification methods according to Gregersen and de Vries allow adequate characterization of patients with rheumatoid arthritis in a Colombian population

Introduction: The most important genetic association in rheumatoid arthritis (RA) is presented with some alleles from the HLA-DRB1 gene that encode the shared epitope (SE). Objectives: To apply the SE classification methods of Gregersen, de Vries, Raychaudhuri, Mattey, and Tezenas du Montcel in a group of Colombian patients with RA and determine the most common HLA-DRB1 alleles in the population. Methods: RA diagnosis, genetic study of the HLA-DRB1 region using Luminex technology in 50 RA and 50 healthy subjects. For the classification analysis, Fisher's exact test and chi-squared test were applied. Tables were created to count the RA-related alleles. We used odds ratio to determine the risk between the presence of the shared epitope (SE) and anti-cyclic citrullinated peptides (Anti-CCP). Results: Gregersen and de Vries methods were suitable for the characterization of RA in this population (p = .006). The most prevalent HLA-DRB1 alleles in the RA group were 14:02,04:04, 08:02,04:05, and 10:01. High frequencies of the 07:01, 03:01,13:02,01:02, and 12:01 HLA-DRB1 alleles were found in the healthy population. HLA-DRB1 alleles with similar distribution in both populations were 04:07, 15:01, 11:01, 16:02, and 01:01. A high frequency of SE + was observed in Anti-CCP + individuals (63.15%); however, this was not statistically significant [OR2.4 (.63-9.01); p = .19]. Conclusion: The SE classification methods of Gregersen and de Vries were adequate in characterizing RA in a Colombian population group. An equivalence of 100% was verified between the susceptibility alleles defined by de Vries and the alleles assigned as SE according to Gregersen.

Introducción: La asociación genética más importante en artritis reumatoide (AR) se presenta con algunos alelos del gen HLA DRB1 que codifican el epítope compartido (EC). Objetivos: Aplicar los métodos de clasificación de EC de Gregersen et al., de Vries et al., Raychaudhuri et al., Mattey et al., y Tezenas du Montcel et al., en un grupo de pacientes colombianos con AR, y determinar los alelos HLA DRB1 más frecuentes en esta población. Métodos: Diagnóstico para AR, estudio genético de la región HLA DRB1 por tecnología Luminex® de 50 sujetos AR y 50 sanos. Para análisis comparativos de clasificaciones EC, se aplicaron las pruebas test exacto de Fisher y Chi-cuadrado y se realizaron tablas de conteos para los alelos relacionados con AR. Se estimó la razón de odds para determinar el riesgo entre la presencia de EC y los anticuerpos antipéptidos cíclicos citrulinados (anti-PCC). Resultados: Los métodos de Gregersen et al. y de Vries et al. fueron adecuados para la caracterización de AR en esta población (p = 0,006). Los alelos HLA DRB1 más prevalentes en el grupo AR fueron 14:02, 04:04, 08:02, 04:05 y 10:01. Se encontraron altas frecuencias de los alelos HLA DRB1 07:01, 03:01,13:02, 01:02 y 12:01 en población sana. Alelos HLA DRB1 con distribución similar en ambas poblaciones fueron: 04:07, 15:01, 11:01, 16:02 y 01:01. Se observó alta frecuencia de individuos EC+ en el grupo AR anti-PCC+ (63,15%); no obstante, sin asociación estadística (OR: 2,4 [0,63-9,01]; p = 0,19). Conclusión: Los métodos de clasificación para EC de Gregersen et al. y de Vries et al. fueron adecuados caracterizando AR en un grupo de población colombiana. Se corroboró equivalencia del 100% entre los alelos de susceptibilidad definidos por de Vries y los alelos asignados como EC según Gregersen et al.

Characterisation of three polymorphisms of the tryptophan hydroxylase 2 gene in a sample of Colombian population with major depressive disorder / Caracterización de tres polimorfismos del gen de la triptófano hidroxilasa 2 en una muestra de población colombiana con trastorno depresivo mayor

ABSTRACT Objective: Identify whether rs11179000, rs136494 and rs4570625 polymorphisms of the tryptophan hydroxylase 2 gene, are associated with a major depressive disorder in a sample of the Colombian population. Methods: Case-control study was conducted in which a comparison was made between subjects diagnosed with major depressive disorder at some point in adulthood or active symptoms at the time of evaluation, and subjects with no psychiatric disease. Subjects were studied in the Department of Psychiatry, Faculty of Medicine and the Institute of Genetics at the National University of Colombia. Polymorphisms were genotyped using Taqman probes in real time PCR. As well as studying the association between major depressive disorder and these single nucleotide polymorphisms (SNPs), the association with other factors previously associated with depression were also analysed. Results: No statistically significant association between genotypic and allelic frequencies of each polymorphism and major depressive disorder was found. Association between sex and complication during pregnancy/childbirth and major depressive disorder was observed. Association between sex and complication during pregnancy/childbirth and major depres sive disorder was observed. Conclusions: There was no association between any polymorphism and major depressive disorder.

RESUMEN Objetivo: Identificar si los polimorfismos rs11179000, rs136494 y rs4570625 del gen de la triptófano hidroxilasa 2 están asociados a trastorno depresivo mayor en una muestra de población colombiana. Métodos: Estudio de casos y controles en el que se comparó a sujetos con trastorno depresivo mayor diagnosticado en algún momento de la vida adulta o con síntomas activos en el momento de la valoración y sujetos sin enfermedad psiquiátrica. Se estudió a los sujetos en el Departamento de Psiquiatría de la Facultad de Medicina y en el Instituto de Genética de la Universidad Nacional de Colombia. Se genotipificaron los polimorfismos usando reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real y sondas Taqman. Además de buscar asociación entre trastorno depresivo mayor y estos polimorfismos de un solo nucleótido, se exploró asociación con otros factores relacionados previamente con depresión. Resultados: No se encontró asociación estadísticamente significativa entre las frecuencias genotípicas o alélicas de cada polimorfismo y el trastorno depresivo mayor. Se observó asociación entre sexo y complicaciones durante el embarazo/parto y trastorno depresivo mayor. Conclusiones: No se halló asociación entre polimorfismo alguno y el trastorno depresivo mayor.

Metachondromatosis: Clinical and radiological diagnosis and differential diagnosis / Metacondromatosis: diagnóstico clínico, radiológico y diagnóstico diferencial

The clinical case of a 9-year-old patient derived from Orthopedics to the Institute of Genetics at Universidad Nacional de Colombia due to a longstanding medical history of multiple bony outgrowths that required surgical management without etiologic diagnosis is presented in this paper. A possible diagnosis of metachondromatosis is suggested based on the clinical course, the family history, and the findings of the biopsy and regular growth parameters. On the other hand, differential diagnoses were compared taking into account the most common enchondromatosis type, based on data obtained during physical examination, radiological signs and other variables. This comparison was grounded on the review of existing literature on this type of entities.

En el presente artículo se presenta el caso clínico de una paciente de 9 años de edad remitida al Instituto de Genética de la Universidad Nacional de Colombia desde el servicio de Ortopedia por cuadro clínico de larga data, consistente en múltiples excrecencias óseas que han requerido manejo quirúrgico sin diagnóstico etiológico. Se Plantea la posibilidad de metacondromatosis como diagnóstico, basándose en el curso clínico, la historia familiar, los hallazgos en biopsia y los parámetros normales de crecimiento; también se compararon los diagnósticos diferenciales dentro de las encondromatosis más frecuentes teniendo en cuenta datos tomados del examen físico, signos radiológicos y otras variables, esta comparación se basó en la revisión bibliográfica de la literatura existente actualmente sobre este tipo de entidades.

El proyecto del genoma humano / The project of the genome human

El genoma humano es todo el contenido de ADN que posee una especie. En el ser humano, el ADN se localiza en el interior del núcleo de las células en estructuras denominadas cromosomas. Cada cromosoma que está constituído por ADN enrollado, contiene cientos de nmiles de genes así como secuencias de ADN cuya función aún es desconocida